La saison 2006 du Championnat du Mali de football était la 39e édition de la première division malienne à poule unique, la Première Division. Les quatorze meilleurs clubs maliens sont regroupés au sein d'une poule unique où ils s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Les deux derniers du classement sont relégués en fin de saison et remplacés par les deux meilleurs clubs de Deuxième division.
C'est le Stade malien, tenant du titre, qui remporte à nouveau la compétition après avoir terminé en tête du classement final, avec deux points d'avance sur le Djoliba AC et douze sur le Cercle olympique de Bamako. C'est le quatorzième titre de champion du Mali de l'histoire du club, qui réussit même le doublé en s'imposant en finale de la Coupe du Mali face à l'AS Bamako.
Les saisons en gris n'ont pas été disputées. Les saisons en noir (et toutes celles avant 1988) sont celles dont on ne connaît que le champion (voir le palmarès).
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Championnats nationaux de première division 2005-2006 à travers le monde