Coronaviridae

Coronaviridées, Coronavirus

Cet article concerne l'ensemble des coronavirus. Pour la sous-famille infectant des oiseaux et des mammifères dont les humains, voir Orthocoronavirinae.

Coronaviridae

Coronavirus humain.

Classification ICTV
Realm	Riboviria
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Pisoniviricetes
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae

Famille

Coronaviridae
ICTV 1975^[1]

Genres de rang inférieur

sous-famille Letovirinae :
- Alphaletovirus
sous-famille Orthocoronavirinae :
- Alphacoronavirus
- Betacoronavirus
- Deltacoronavirus
- Gammacoronavirus
sous-famille Pitovirinae :
- Alphapironavirus

Les Coronaviridées (Coronaviridae), ou coronavirus^[2]^,^[3], sont une famille de virus à ARN simple brin enveloppés, de sens positif. Le génome viral mesure de 26 à 32 kb. Les particules, quasi sphériques, sont généralement décorées de grandes projections de surface (~ 20nm), en forme de massue ou de pétale (les péplomères ou spikes en anglais), qui créent une image qui rappelle la couronne solaire en micrographie électronique : cette propriété est à l'origine du nom des virus de cette famille^[4].

Structure

Les extrémités 5' et 3' du génome ont une coiffe et une « queue » poly(A), respectivement. L'enveloppe virale, obtenue par bourgeonnement à travers les membranes du réticulum endoplasmique (RE) et / ou de l'appareil de Golgi, contient invariablement deux espèces de (glyco)protéines codées par le virus, S et M. La glycoprotéine S comprend les grandes projections de surface, tandis que la protéine M est une protéine transmembranaire.

Les torovirus (anciennement classés dans cette famille^[5]) et un sous-ensemble de coronavirus (en particulier les membres du sous-groupe A du genre Betacoronavirus) possèdent, en plus des peplomères composés de S, un deuxième type de projections de surface composé de la protéine hémagglutinine-estérase.

Une autre protéine structurelle importante est la phosphoprotéine N, qui est responsable de la symétrie hélicoïdale de la nucléocapside qui renferme l'ARN génomique.

Taxinomie

La famille Coronaviridae est organisée en 3 sous-familles, 6 genres, 27 sous-genres et une quarantaine d'espèces^[6]:

Famille Coronaviridae
- Sous-famille Letovirinae
  - Genre Alphaletovirus
    - Sous-genre Milecovirus
      - Microhyla letovirus 1
- Sous-famille Orthocoronavirinae
  - Genre Alphacoronavirus
    - Sous-genre Colacovirus
      - Bat coronavirus CDPHE15
    - Sous-genre Decacovirus
      - Bat coronavirus HKU10
      - Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
    - Sous-genre Duvinacovirus
      - Human coronavirus 229E (HCoV-229E)
    - Sous-genre Luchacovirus
      - Lucheng Rn rat coronavirus
    - Sous-genre Minacovirus
      - Ferret coronavirus
      - Mink coronavirus 1
    - Sous-genre Minunacovirus
      - Miniopterus bat coronavirus 1
      - Miniopterus bat coronavirus HKU8
    - Sous-genre Myotacovirus
      - Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
    - Sous-genre Nyctacovirus
      - Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013
    - Sous-genre Pedacovirus
      - Porcine epidemic diarrhea virus (Virus de la diarrhée épidémique porcine, PEDV)
      - Scotophilus bat coronavirus 512
    - Sous-genre Rhinacovirus
      - Rhinolophus bat coronavirus HKU2
    - Sous-genre Setracovirus
      - Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
      - NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
    - Sous-genre Soracovirus
      - Sorex araneus coronavirus T14
    - Sous-genre Sunacovirus
      - Suncus murinus coronavirus X74
    - Sous-genre Tegacovirus
      - Alphacoronavirus 1
        Coronavirus de la gastro-entérite transmissible porcine (TGEV, porc)
        
        Coronavirus canin
        
        Coronavirus félin
  - Genre Betacoronavirus
    - Sous-genre Embecovirus
      - Betacoronavirus 1
        HCoV-OC43
        
        Bovine coronavirus
        
        Canine respiratory coronavirus
        
        Coronavirus HKU23
        
        Equine coronavirus
        
        Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus
        
        Yak coronavirus
      - China Rattus coronavirus HKU24
      - Human coronavirus HKU1 (HCoV-HKU1)
      - Murine coronavirus
      - Myodes coronavirus 2JL14
    - Sous-genre Hibecovirus
      - Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
    - Sous-genre Merbecovirus
      - Hedgehog coronavirus 1
      - Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV; MERS)
      - Pipistrellus bat coronavirus HKU5
      - Tylonycteris bat coronavirus HKU4
    - Sous-genre Nobecovirus
      - Rousettus bat coronavirus GCCDC1
      - Rousettus bat coronavirus HKU9
    - Sous-genre Sarbecovirus
      - Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSr-CoV)
        
        SARSr-CoV HKU3 (chauve-souris)^[7]
        
        SARSr-CoV Rp3 (chauve-souris)^[8]
        
        SARSr-CoV WIV1 (chauve-souris)
        
        SARSr-CoV RsSHC014 (chauve-souris)
        
        SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)
        
        SARSr-CoV RaTG13 (chauve-souris)
        
        SARS-CoV-2 (humain ; COVID-19)
  - Genre Gammacoronavirus
    - Sous-genre Cegacovirus
      - Cetacean coronavirus
        Coronavirus du béluga (BWCoV)
        
        Coronavirus du grand dauphin (BdCoV)
    - Sous-genre Igacovirus
      - Avian infectious bronchitis coronavirus
  - Genre Deltacoronavirus
    - Sous-genre Andecovirus
      - Wigeon coronavirus HKU20
    - Sous-genre Buldecovirus
      - Bulbul coronavirus HKU11
      - Coronavirus HKU15
      - Munia coronavirus HKU13
      - White-eye coronavirus HKU16
    - Sous-genre Herdecovirus
      - Night heron coronavirus HKU19
    - Sous-genre Moordecovirus
      - Common moorhen coronavirus HKU21
- Sous-famille Pitovirinae
  - Genre Alphapironavirus
    - Sous-genre Samovirus
      - Alphapironavirus bona

Épidémiologie et pathologie

Les coronavirus sont transmis par voie fécale-orale ou par aérosols de sécrétions respiratoires. Ils sont présents dans le monde entier et infectent une large diversité de mammifères et d'oiseaux (orthocoronavirus), mais aussi des amphibiens (letovirus) et des poissons (pironavirus)^[4].

Bien que la plupart des maladies soient bénignes chez l'homme, elles peuvent parfois provoquer des situations plus graves, notamment des infections des voies respiratoires : syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et maladie à coronavirus 2019 (Covid-19). Ils peuvent également provoquer des infections entériques chez les très jeunes enfants et, dans de rares situations, des syndromes neurologiques.

Notes et références

↑ ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 1er février 2021
↑ « Coronavirus », sur Académie nationale de médecine (consulté le 2 août 2023)
↑ (en) « Coronavirus », sur Merriam-Webster Dictionnary, juillet 2023 (consulté le 2 août 2023)
↑ ^{a et b} (en) « Family: Coronaviridae », sur International Committee on Taxonomy of Viruses, février 2023 (consulté le 1^er août 2023)
↑ (en) « Taxon Details, Genus: Torovirus », sur International Committee on Taxonomy of Viruses: ICTV (consulté le 2 août 2023)
↑ (en) « Virus Taxonomy: 2022 Release », sur ICTV online, 2022 (consulté le 1^er août 2020)
↑ DOI 10.1073/pnas.0506735102
↑ DOI 10.1093/database/baaa062

Références biologiques

(en) Référence ICTV : Coronaviridae (consulté le 1^er février 2021)
(en) Référence Catalogue of Life : Coronaviridae (consulté le 11 décembre 2020)
(en) Référence NCBI : Coronaviridae (taxons inclus)

v · m

Coronaviridae (famille des coronavirus)

Ordre : Nidovirales

Alphaletovirus (en)

Milecovirus	Microhyla letovirus 1

Alphacoronavirus

Amalacovirus	Alphacoronavirus AMALF
Colacovirus	Bat coronavirus CDPHE15
Decacovirus	Alphacoronavirus CHB25 Alphacoronavirus WA3607 Coronavirus de chauve-souris HKU10 (en) Alphacoronavirus de Rhinolophus ferrumequinum HuB-2013 (en)
Duvinacovirus	Coronavirus humain 229E (HCoV-229E)
Luchacovirus	Lucheng Rn rat coronavirus
Minacovirus	Mink coronavirus 1
Minunacovirus	Coronavirus de Miniopterus 1 (en) Coronavirus de Miniopterus HKU8 (en)
Myotacovirus	Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
Nyctacovirus	Alphacoronavirus HKU33 Alphacoronavirus WA2028 Alphacoronavirus de Nyctalus velutinus SC-2013 (en) Coronavirus de Pipistrellus kuhlii 3398 (en)
Pedacovirus	Alphacoronavirus BT020 Alphacoronavirus WA1087 Virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV) Coronavirus de Scotophilus 512 (en)
Rhinacovirus	Coronavirus de rhinolophe HKU2 (en) coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine (SADS-CoV)
Setracovirus	Coronavirus humain NL63 (HCoV-NL63) NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
Soracovirus	Sorex araneus coronavirus T14
Sunacovirus	Suncus murinus coronavirus X74
Tegacovirus	Alphacoronavirus 1 coronavirus félin (FCoV) coronavirus canin (CCoV) coronavirus de la gastro-entérite transmissible porcine (TGEV)

Betacoronavirus

Embecovirus	Betacoronavirus 1 coronavirus bovin (BCoV) coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43) Coronavirus de rat chinois HKU24 Coronavirus humain HKU1 (HCoV-HKU1) Coronavirus murin (MCoV) coronavirus du rat (en) Myodes coronavirus 2JL14
Hibecovirus	Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
Merbecovirus	Coronavirus du hérisson 1 Coronavirus du MERS (MERS-CoV) Coronavirus de pipistrelle HKU5 Coronavirus de Tylonycteris HKU4
Nobecovirus	Coronavirus d'Eidolon C704 Coronavirus de Roussette GCCDC1 Coronavirus de Roussette HKU9
Sarbecovirus	Coronavirus lié au SRAS SARS-CoV SARS-CoV-2 variants BANAL-52 coronavirus de chauve-souris WIV1 lié au SRAS (Bat SL-CoV-WIV1) RaTG13 RmYN02 SHC014-CoV

Deltacoronavirus

Andecovirus	Wigeon coronavirus HKU20
Buldecovirus	Bulbul coronavirus HKU11 (en) Common moorhen coronavirus HKU21 Coronavirus HKU15 (PorCoV HKU15) Munia coronavirus HKU13 White-eye coronavirus HKU16
Herdecovirus	Night heron coronavirus HKU19

Gammacoronavirus

Brangacovirus	Goose coronavirus CB17
Cegacovirus	Coronavirus du béluga (BWCoV)
Igacovirus	Coronavirus aviaire (IBV) Coronavirus aviaire 9203 (en) Duck coronavirus 2714

Alphapironavirus

Samovirus	Alphapironavirus bona

v · m

Familles de virus

realm > règne > phylum > classe > ordre > famille(s)

Adnaviria (en)

Taleaviricota

Tokiviricetes

Ligamenvirales (en)	Lipothrixviridae (en) Rudiviridae (en) Ungulaviridae
Primavirales	Tristromaviridae (en)

Duplodnaviria

Peploviricota

Herviviricetes

Herpesvirales	Alloherpesviridae Herpesviridae Malacoherpesviridae

Uroviricota

Caudoviricetes

Crassvirales	Crevaviridae Intestiviridae Steigviridae Suoliviridae
Kirjokansivirales	Graaviviridae Haloferuviridae Pyrstoviridae Shortaselviridae
Methanobavirales	Anaerodiviridae Leisingerviridae
Thumleimavirales	Druskaviridae Hafunaviridae Halomagnusviridae Soleiviridae
incertae sedis	Ackermannviridae Aggregaviridae Assiduviridae Autographiviridae Casjensviridae Chaseviridae Demerecviridae Drexlerviridae Duneviridae Forsetiviridae Guelinviridae Helgolandviridae Herelleviridae Kyanoviridae Madisaviridae Mesyanzhinovviridae Molycolviridae Naomviridae Orlajensenviridae Pachyviridae Peduoviridae Pervagoviridae Rountreeviridae Salasmaviridae Saparoviridae Schitoviridae Straboviridae Suolaviridae Vertoviridae Vilmaviridae Winoviridae Zierdtviridae Zobellviridae

Monodnaviria

Hofneiviricota

Faserviricetes

Tubulavirales (en)	Inoviridae (en) Paulinoviridae Plectroviridae

Phixviricota

Malgrandaviricetes

Petitvirales	Microviridae (en)

Cossaviricota (en)

Mouviricetes

Polivirales	Bidnaviridae (en)

Papovaviricetes

Sepolyvirales	Polyomaviridae (en)
Zurhausenvirales	Papillomaviridae

Quintoviricetes

Piccovirales	Parvoviridae

Cressdnaviricota (en)

Arfiviricetes (en)

Baphyvirales	Bacilladnaviridae
Cirlivirales	Circoviridae Vilyaviridae
Cremevirales	Smacoviridae
Mulpavirales	Metaxyviridae Nanoviridae
Recrevirales	Redondoviridae (en)
Rivendellvirales	Naryaviridae
Rohanvirales	Nenyaviridae

Repensiviricetes

Geplafuvirales (en)	Geminiviridae Genomoviridae

Saleviricota

Huolimaviricetes

Haloruvirales	Pleolipoviridae

Riboviria

Duplornaviricota (en)

Chrymotiviricetes

Ghabrivirales (en)	Chrysoviridae Megabirnaviridae (en) Quadriviridae (en) Totiviridae (en)

Resentoviricetes

Reovirales	Sedoreoviridae Spinareoviridae

Vidaverviricetes

Mindivirales	Cystoviridae (en)

Kitrinoviricota

Alsuviricetes

Hepelivirales (en)	Alphatetraviridae (en) Benyviridae Hepeviridae (en) Matonaviridae
Martellivirales	Bromoviridae Closteroviridae Endornaviridae Kitaviridae Mayoviridae Togaviridae Virgaviridae
Tymovirales (en)	Alphaflexiviridae Betaflexiviridae Deltaflexiviridae Gammaflexiviridae (en) Tymoviridae

Flasuviricetes

Amarillovirales	Flaviviridae

Magsaviricetes

Nodamuvirales (en)	Nodaviridae (en) Sinhaliviridae

Tolucaviricetes

Tolivirales (en)	Carmotetraviridae (en) Tombusviridae

Lenarviricota (en)

Amabiliviricetes

Wolframvirales	Narnaviridae

Howeltoviricetes

Cryppavirales	Mitoviridae (en)

Leviviricetes (en)

Norzivirales (en)	Atkinsviridae (en) Duinviridae (en) Fiersviridae (en) Solspiviridae (en)
Timlovirales (en)	Blumeviridae (en) Steitzviridae (en)

Miaviricetes

Ourlivirales	Botourmiaviridae

Negarnaviricota

Chunqiuviricetes

Muvirales	Qinviridae (en)

Milneviricetes

Serpentovirales	Aspiviridae

Monjiviricetes

Jingchuvirales (en)	Aliusviridae Chuviridae (en) Crepuscuviridae Myriaviridae Natareviridae
Mononegavirales	Artoviridae Bornaviridae Filoviridae Lispiviridae Mymonaviridae Nyamiviridae (en) Paramyxoviridae Pneumoviridae (en) Rhabdoviridae Sunviridae Xinmoviridae

Yunchangviricetes

Goujianvirales	Yueviridae (en)

Ellioviricetes

Bunyavirales	Arenaviridae Cruliviridae Discoviridae Fimoviridae Hantaviridae Leishbuviridae Mypoviridae Nairoviridae Peribunyaviridae Phasmaviridae (en) Phenuiviridae Tospoviridae Tulasviridae Wupedeviridae

Insthoviricetes

Articulavirales	Amnoonviridae (en) Orthomyxoviridae

Pisuviricota

Duplopiviricetes

Durnavirales (en)	Amalgaviridae Curvulaviridae Fusariviridae Hypoviridae Partitiviridae Picobirnaviridae (en)

Pisoniviricetes

Nidovirales	Abyssoviridae (en) Arteriviridae Coronaviridae Cremegaviridae Euroniviridae Gresnaviridae Medioniviridae Mesoniviridae (en) Mononiviridae (en) Nanghoshaviridae Nanhypoviridae Olifoviridae Roniviridae (en) Tobaniviridae (en)
Picornavirales	Caliciviridae Dicistroviridae Iflaviridae Marnaviridae (en) Picornaviridae Polycipiviridae Secoviridae Solinviviridae
Sobelivirales (en)	Alvernaviridae (en) Barnaviridae (en) Solemoviridae