BZIP domen

bZIP transkripcioni faktor
CREB (gore) je transkripcioni faktor koji ima sposobnost vezivanja za DNK putem bZIP domena (dole) i regulisanja ekspresije gena.
Identifikatori
Simbol bZIP_1
Pfam PF00170
InterPro IPR011616
PROSITE PDOC00036
SCOP 1ysa
Superfamilija 1ysa
Dostupne PDB strukture:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe
PDBsum strukturni pregled

bZIP domen (engl. Basic Leucine Zipper Domain) je prisutan u mnogim eukariotskim proteinima koji vezuju DNK. Jedan deo domena sadrži region koji posreduje za sekvencu specifično DNK vezivanje i leucinski zatvarač koji je neophodan da bi se držala zajedno (dimerizovala) dva DNK vezujuća regiona. DNK vezujući region obuhvata više baznih aminokiselina kao što su arginin i lizin. Proteini koji sadrže ovaj domen su transkripcioni faktori.[1][2]

bZIP transkripcioni faktori

bZIP transkripcioni faktori su prisutni u svim organizmima. Jedna nedavna evoluciona studija je pokazala da su 4 bZIP gena bila kodirana u genomu najskorijeg zajedničkog pretka svih biljki.[3] Interakcije između bZIP transkripcionih faktora imaju važnu ulogu u razvoju kancera[4] u epitelnim tkivima, sintezi steroidnih hormona u ćelijama endokrinih tkiva,[5] faktora koji utiču na reproduktivne funkcije,[6] i više drugih fenomena koji utiču na ljudsko zdravlje.

Proteini koji sadrže bZIP domen

  • AP-1 fos/jun heterodimer koji formira transkripcioni faktor
  • Jun-B transkripcioni faktor
  • CREB cAMP respons element transkripcioni faktor
  • OPAQUE2 (O2) transkripcioni faktor

Ljudski proteini koji sadrže ovaj domen

ATF1; ATF2; ATF4; ATF5; ATF6; ATF7; BACH1; BACH2; BATF; BATF2; CREB1; CREB3; CREB3L1; CREB3L2; CREB3L3; CREB3L4; CREB5; CREBL1; CREM; E4BP4; FOSL1; FOSL2; JUN; JUNB; JUND; MAFA; MAFB; NFE2; NFE2L2; NFE2L3; SNFT; CREM

Reference

  1. Ellenberger T (1994). „Getting a grip in DNA recognition: structures of the basic region leucine zipper, and the basic region helix-loop-helix DNA-binding domains.”. Curr. Opin. Struct. Biol. 4 (1): 12–21. DOI:10.1016/S0959-440X(94)90054-X. 
  2. Hurst HC (1995). „Transcription factors 1: bZIP proteins”. Protein Profile 2 (2): 101–68. PMID 7780801. 
  3. Corrêa LGG, Riaño-Pachón DM, Schrago CG, dos Santos RV, Mueller-Roeber B, Vincentz M. (2008). Shiu, Shin-Han. ur. „The Role of bZIP Transcription Factors in Green Plant Evolution: Adaptive Features Emerging from Four Founder Genes”. PLoS ONE 3 (8): e2944. DOI:10.1371/journal.pone.0002944. PMC 2492810. PMID 18698409. 
  4. Vlahopoulos SA, Logotheti S, Mikas D, Giarika A, Gorgoulis V, Zoumpourlis V (April 2008). „The role of ATF-2 in oncogenesis”. BioEssays 30 (4): 314–27. DOI:10.1002/bies.20734. PMID 18348191. 
  5. Manna PR, Dyson MT, Eubank DW, Clark BJ, Lalli E, Sassone-Corsi P, Zeleznik AJ, Stocco DM (January 2002). „Regulation of steroidogenesis and the steroidogenic acute regulatory protein by a member of the cAMP response-element binding protein family”. Mol. Endocrinol. 16 (1): 184–99. DOI:10.1210/me.16.1.184. PMID 11773448. 
  6. Hoare S, Copland JA, Wood TG, Jeng YJ, Izban MG, Soloff MS (May 1999). „Identification of a GABP alpha/beta binding site involved in the induction of oxytocin receptor gene expression in human breast cells, potentiation by c-Fos/c-Jun”. Endocrinology 140 (5): 2268–79. DOI:10.1210/en.140.5.2268. PMID 10218980. 

Spoljašnje veze

  • p
  • r
  • u
BAR • BIR • BZIP • CARD • C1 • C2 • DED • ENTH • FYVE • HEAT • Kringl • LIM • LRR • NACHT • PAS • PDZ • Pirin • PH • PX • SH2 • SH3 • SUN • TRIO • WD40 • Cinkov prst
  • p
  • r
  • u
  • p
  • r
  • u
(1) Osnovni domeni
(1.1) Osnovni leucin rajsferšlus (bZIP)
Aktivirajući transkripcioni faktor (AATF, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) • AP-1 (c-Fos, FOSB, FOSL1, FOSL2, c-Jun, JUNB, JUND) • BACH (1, 2) • BATF • BLZF1 • C/EBP (α, β, γ, δ, ε, ζ) • CREB (1, 3, L1) • CREM • DBP • DDIT3 • GABPA • HLF • MAF (B, F, G, K) • NFE (2, L1, L2) • NFIL3 • NRL • NRF1 • XBP1
(1.2) Osnovni heliks-petlja-heliks (bHLH)
ATOH1 • AhR • AHRR • ARNT • ASCL1 • BHLHB2 • BMAL (ARNTL, ARNTL2) • CLOCK • EPAS1 • HAND (1, 2) • HES (5, 6) • HEY (1, 2, L) • HES1 • HIF (1A, 3A) • ID (1, 2, 3, 4) • LYL1 • MXD4 • MYCL1 • MYCN • Myogenic regulatorni faktori (MyoD, Myogenin, MYF5, MYF6) • Neurogenini (1, 2, 3) • NeuroD (1, 2) • NPAS (1, 2, 3) • OLIG (1, 2) • Pho4 • Scleraxis • TAL (1, 2) • Twist • USF1
(1.3) bHLH-ZIP
AP-4 • MAX • MITF • MNT • MLX • MXI1 • Myc • SREBP (1, 2)
(1.4) NF-1
NFI (A, B, C, X) • SMAD (R-SMAD (1, 2, 3, 5, 9) - I-SMAD (6, 7) - 4)
(1.5) RF-X
RFX (1, 2, 3, 4, 5, ANK)
(1.6) Osnovni heliks-razmak-heliks (bHSH)
AP-2 (α, β, γ, δ, ε)
  • p
  • r
  • u
(2) Cink prst DNA-vezujući domeni
(2.1) Nuklearni receptor (Cys4)
podfamilija 1 (Tiroidni hormon (α, β), CAR, FXR, LXR (α, β), PPAR (α, β/δ, γ), PXR, RAR (α, β, γ), ROR (α, β, γ), Rev-ErbA (α, β), VDR)
podfamilija 2 (COUP-TF (I, II), Ear-2, HNF4 (α, γ), PNR, RXR (α, β, γ), Testikularni receptor (2, 4), TLX)
podfamilija 3 (Steroidni hormon (Androgen, Estrogen (α, β), Glukokortikoid, Mineralokortikoid, Progesteron), Estrogen-vezani (α, β, γ))
podfamilija 4 NUR (NGFIB, NOR1, NURR1) • podfamilija 5 (LRH-1, SF1) • podfamilija 6 (GCNF) • podfamilija 0 (DAX1, SHP)
(2.2) Drugi Cys4
GATA (1, 2, 3, 4, 5, 6) • MTA (1, 2, 3) • TRPS1
(2.3) Cys2His2
Generalni transkripcioni faktori (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF (1, 2), TFIIH (1, 2, 4, 2I, 3A, 3C1, 3C2))
ATBF1 • BCL (6, 11A, 11B) • CTCF • E4F1 • EGR (2, 3) • ERV3 • GFI1 • GLI-Kruppel familija (1, 2, 3, REST, S2, YY1) • HIC (1, 2) • HIVEP (1, 2, 3) • IKZF (1, 2, 3) • ILF (2, 3) • KLF (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17) • MTF1 • MYT1 • OSR1 • SP (1, 2, 4, 7) • WT1 • Zbtb7 (7A, 7B) • ZBTB (16, 17, 20, 32, 33, 40) • cink prst (3, 7, 9, 10, 19, 22, 24, 33B, 34, 35, 41, 43, 44, 51, 74, 143, 146, 148, 165, 202, 217, 219, 238, 239, 259, 267, 268, 281, 295, 318, 330, 346, 350, 365, 366, 384, 423, 451, 452, 471, 593, 638, 649, 655)
(2.4) Cys6
HIVEP1
(2.5) Naizmenična kompozicija
AIRE • DIDO1 • GRLF1 • ING (1, 2, 4) • JARID (1A, 1B, 1C, 1D, 2) • JMJD1B
  • p
  • r
  • u
(3.1) Homeodomen
ARX • CDX (1, 2) • CRX • CUTL1 • DBX (1, 2)  • DLX (3, 4, 5) • EMX2 • EN (1, 2) • FHL (1, 2, 3) • HESX1 • HHEX • HLX • Homeobox (A1, A2, A3, A4, A5, A7, A9, A10, A11, A13, B1, B2, B3, B4, B5, B6, B7, B8, B9, B13, C4, C5, C6, C8, C9, C10, C11, C13, D1, D3, D4, D8, D9, D10, D11, D12, D13) • HOPX • IRX (1, 2, 3, 4, 5, 6, MKX) • LMX (1A, 1B) • MEIS (1, 2) • MEOX2 • MNX1 • MSX (1, 2) • NANOG • NKX (2-1, 2-2, 2-3, 2-5, 3-1, 3-2, 6-1, 6-2) • PBX (1, 2, 3) • PHF (1, 3, 6, 8, 10, 16, 17, 20, 21A) • PITX (1, 2, 3) • POU domen (PIT-1, BRN-3: A, B, C, Oktamer transkripcioni faktor: 1, 2, 3/4, 6, 7, 11) • OTX (1, 2) • PDX1 • ZEB (1, 2)
(3.2) Paired box
PAX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9)
(3.3) Fork glava / winged heliks
E2F (1, 2, 3, 4, 5) • FOX proteini (C1, C2, D3, E1, G1, H1, K2, L2, M1, N3, O1, O3, O4, P1, P2, P3)
(3.4) Faktori toplotnog šoka
HSF (1, 2, 4)
(3.5) Triptofan klasteri
ELF (2, 4, 5) • EGF • ELK (1, 3, 4) • ERF • ERG • ETS (1, 2, SPIB) • ETV (1, 4, 5, 6) • FLI1 • Interferon regulatorni faktori (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) • MYB • MYBL2
(3.6) TEA domen
transkripcioni pojačivač faktor (1, 2, 3, 4)
  • p
  • r
  • u
(4) β-Scaffold faktori sa manjim žljebnim kontaktima
(4.1) Rel homologni region
NF-κB (NFKB1, NFKB2, REL, RELA, RELB) • NFAT (C1, C2, C3, C4, 5)
(4.2) STAT
STAT (1, 2, 3, 4, 5, 6)
(4.3) p53
p53 • TBX (1, 2, 3, 5, 19, 21, 22, Brahiuri, TBR1)
(4.4) MADS kutija
Mef2 (A, B, C, D) • SRF
(4.6) TATA vezujući proteini
TBP • TBPL1
(4.7) Grupa visoke pokretljivosti
HMGB (1, 2, 3) • HNF (1A, 1B) • LEF1 • SOX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 18, 21) • SRY • SSRP1 • TCF (3, 4) • TOX (1, 2, 3, 4)
(4.10) Domen hladnog šoka
CSDA, YBX1
(4.11) Runt
CBF (CBFA2T2, CBFA2T3, RUNX1, RUNX2, RUNX3, RUNX1T1)
  • p
  • r
  • u
(0) Drugi transkripcioni faktori
(0.2) HMGI(Y)
HMGA (1, 2) • HBP1
(0.3) Džep domen
Rb • RBL1 • RBL2
(0.5) AP-2/EREBP-vezani faktori
Apetala 2 • EREBP • B3
(0.6) Razno
ARID (1A, 1B, 2, 3A, 3B, 4A) • CAP • IFI (16, 35) • MLL (2, 3, T1) • MNDA • NFY (A, B, C) • Ro/Sigma
vidi isto transkripcioni faktor/koregulator nedostataka