Deamidacija

Deamidacija je hemijska reakcija u kojoj se amidna funkcionalna grupa odstranjuje iz organskog jedinjenja. U biohemiji je ova reakcija važna u degradaciji proteina, jer oštećuje bočne lance koji sadrže amide, asparagin i glutamin.

U biohemijskoj reakciji deamidacije, bočni lanac asparagina napada susednu peptidnu grupu formirajući simetrični sukcinimidni intermedijer. Simetrija intermedijera rezultuje u dva produkta hidrolize, bilo aspartat ili izoaspartat, koji je beta aminokiselina. Ovaj proces se smatra deamidacijom jer se amid asparaginskog bočnog lanca zamenjuje karboksilatnom grupom. Slična reakcija se može javiti sa aspartatnim bočnim lancom, proizvodeći parcijalnu konverziju do izoaspartata.

Literatura

Clarke S. (1987) "Propensity for spontaneous succinimide formation from aspartyl and asparaginyl residues in cellular proteins", Int. J., Peptide Protein Res., 30, 808-821. PMID 3440704
Stephenson RC and Clarke S. (1989) "Succinimide Formation from Aspartyl and Asparaginyl Peptides as a Model for the Spontaneous Degradation of Proteins", J. Biol. Chem., 264, 6164-6170. PMID 2703484
Robinson NE, Robinson AB. Molecular Clocks: Deamidation of Asparaginyl and Glutaminyl Residues in Peptides and Proteins. Althouse Press: Cave Junction, Ore.

Vidi još

Peptidna veza
Posttranslaciona modifikacija

Primarna struktura proteina i posttranslacione modifikacije

Opšte

Peptidna veza • Biosinteza proteina • Proteoliza • Racemizacija • N-O acilno pomeranje

N-terminus

Acetilacija • Karbamilacija • Formilacija • Glikacija • Metilacija • Miristilacija (Gly)

C-terminus

Amidacija • Glikozil fosfatidilinozitol (GPI) • O-metilacija

Specifične
aminokiseline

Serin/ Treonin	Fosforilacija • Glikozilacija • formiranje Metiliden-imidazolona (MIO)
Tirozin	Fosforilacija • Sulfacija • Vezivanje za porfirinski prsten • vezivanje flavina • formiranje p-hidroksibenziliden-imidazolona • formiranje Lizin tirozil kinona (LTQ) • formiranje topakinona (TPQ)
Cistein	Disulfidna veza • Palmitoilacija • Prenilacija
Aspartat	Formiranje sukcinimida
Glutamat	Karboksilacija • Metilacija • Poliglutamilacija •Poliglicilacija
Asparagin	Deamidacija • Glikozilacija
Glutamin	Transglutaminacija
Lizin	Metilacija • Acetilacija • Acilacija • Hidroksilacija • Ubikvitinacija • Sumoilacija • Dezmozin • ADP-ribozilacija • Deaminacija i oksidativna deaminacija do aldehida • O-glikozilacija • formiranje Imina • Glikacija • Karbamilacija
Arginin	Citrulinacija • Metilacija
Prolin	Hidroksilacija
Histidin	Formiranje diftamida

←Aminominokiseline

Sekundarna struktura→

B bsyn: dnk (repl, cycl, reco, repr) • tscr (fact, tcrg, nucl, rnat, rept, ptts) • tltn (risu, pttl, nexn) • dnab, rnab/runp • stru (domn, 1°, 2°, 3°, 4°)