RBM8A

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1P27, 2HYI, 2J0Q, 2J0S, 2XB2, 3EX7

Ідентифікатори

Символи

RBM8A, BOV-1A, BOV-1B, BOV-1C, C1DELq21.1, DEL1q21.1, MDS014, RBM8, RBM8B, TAR, Y14, ZNRP, ZRNP1, RNA binding motif protein 8A

Зовнішні ІД

OMIM: 605313 MGI: 1913129 HomoloGene: 3744 GeneCards: RBM8A

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding • mRNA binding
Клітинна компонента	• гіалоплазма • catalytic step 2 spliceosome • exon-exon junction complex • neuronal cell body • дендрит (нейробіологія) • spliceosomal complex • клітинне ядро • цитоплазма • нуклеоплазма • nuclear speck • U2-type catalytic step 1 spliceosome
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA transport • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • mRNA processing • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • mRNA export from nucleus • mRNA 3'-end processing • regulation of translation • RNA export from nucleus • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • Сплайсинг РНК • GO:0015915 транспорт
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9939


60365

Ensembl


ENSG00000265241


ENSMUSG00000038374

UniProt


Q9Y5S9


Q9CWZ3

RefSeq (мРНК)


NM_005105


NM_001102407 NM_025875

RefSeq (білок)


NP_005096


NP_001095877 NP_080151

Локус (UCSC)

Хр. 1: 145.92 – 145.93 Mb

Хр. 3: 96.54 – 96.54 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

RBM8A (англ. RNA binding motif protein 8A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 174 амінокислот, а молекулярна маса — 19 889^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADVLDLHEA	GGEDFAMDED	GDESIHKLKE	KAKKRKGRGF	GSEEGSRARM
REDYDSVEQD	GDEPGPQRSV	EGWILFVTGV	HEEATEEDIH	DKFAEYGEIK
NIHLNLDRRT	GYLKGYTLVE	YETYKEAQAA	MEGLNGQDLM	GQPISVDWCF
VRGPPKGKRR	GGRRRSRSPD	RRRR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як регуляція трансляції, процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транспорт, транспорт мРНК, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Zhao X.F., Nowak N.J., Shows T.B., Aplan P.D. (2000). MAGOH interacts with a novel RNA-binding protein. Genomics. 63: 145—148. PMID 10662555 DOI:10.1006/geno.1999.6064
Faurholm B., Millar R.P., Katz A.A. (2001). The genes encoding the type II gonadotropin-releasing hormone receptor and the ribonucleoprotein RBM8A in humans overlap in two genomic loci. Genomics. 78: 15—18. PMID 11707068 DOI:10.1006/geno.2001.6650
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. (2000). The spliceosome deposits multiple proteins 20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions. EMBO J. 19: 6860—6869. PMID 11118221 DOI:10.1093/emboj/19.24.6860
Mingot J.-M., Kostka S., Kraft R., Hartmann E., Goerlich D. (2001). Importin 13: a novel mediator of nuclear import and export. EMBO J. 20: 3685—3694. PMID 11447110 DOI:10.1093/emboj/20.14.3685
Kataoka N., Diem M.D., Kim V.N., Yong J., Dreyfuss G. (2001). Magoh, a human homolog of Drosophila mago nashi protein, is a component of the splicing-dependent exon-exon junction complex. EMBO J. 20: 6424—6433. PMID 11707413 DOI:10.1093/emboj/20.22.6424

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9905 (англ.) . Архів оригіналу за 16 липня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q9Y5S9 (англ.) . Архів оригіналу за 20 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.