LYRa11病毒

LYRa11病毒
病毒分類 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属: SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种:
SARSr-CoV
毒株
LYRa11病毒 LYRa11

LYRa11病毒嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV)的一個病毒株,於2011年在中國雲南保山中菊頭蝠的樣本中被發現。此病毒株的基因組長29805nt,與造成SARS事件的SARS-CoV全基因組序列相似度為91%,於2014年發表[1]。LYRa11病毒和SARS-CoV、SARS-CoV-2一樣使用ACE2為感染細胞的受體[2]

演化樹

截至2021年1月 (2021-01)[update]SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韓國全羅北道 (2016年採集、2019年發表)[3]

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中國湖北宜昌 (2004年採集、2005年發表)[4]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中國廣東 (2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株)[5]

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中國雲南保山 (2011年採集、2014年發表)[1]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中國廣西南寧 (2004年採集、2005年發表)[4]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰 (2013年採集、2015年發表)[6]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰 (2013年採集、2015年發表)[6]

SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2011年採集、2013年發表)[7]

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明 (2012年採集、2013年發表)[7]

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明 (2013年採集、2016年發表)[8]

果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東[5]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人類病毒


參考文獻

  • 病毒主题
  1. ^ 1.0 1.1 He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英语). 
  2. ^ Wells, H L; Letko, M; Lasso, G; Ssebide, B; Nziza, J; Byarugaba, D K; Navarrete-Macias, I; Liang, E; et al. The evolutionary history of ACE2 usage within the coronavirus subgenus Sarbecovirus. Virus Evolution. 2021. ISSN 2057-1577. doi:10.1093/ve/veab007. 
  3. ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英语). 
  4. ^ 4.0 4.1 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英语). 
  5. ^ 5.0 5.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语). 
  6. ^ 6.0 6.1 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176可免费查阅. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英语). 
  7. ^ 7.0 7.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英语). 
  8. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英语). 
 
甲型冠狀病毒屬
(α-CoV)
甲型冠狀病毒1型
甲型冠狀病毒2型
雪貂冠狀病毒(FRECV · FRSCV) · 水鼬冠狀病毒(MCoV)
229E病毒
人類冠狀病毒229E(HCoV-229E) · 羊駝冠狀病毒(ACoV) · 單峰駱駝229E樣冠狀病毒 · 蝙蝠229E樣冠狀病毒
NL63病毒
人類冠狀病毒NL63(HCoV-NL63) · NL63相關蝙蝠冠狀病毒英语NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
長翼蝠冠狀病毒HKU8(Bat-CoV HKU8) · 長翼蝠冠狀病毒1型(Bat-CoV 1A/1B) · 褐扁顱蝠冠狀病毒HKU33(Tr-BatCoV HKU33)
蝙蝠冠狀病毒HKU10(Bat-CoV HKU10) · 马铁菊头蝠甲型冠状病毒HuB-2013英语Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013 · 中華菊頭蝠冠狀病毒HKU32(Rs-BatCoV HKU32) · 蝙蝠冠狀病毒CDPHE15(BatCoV CDPHE15) · 高頭蝠冠狀病毒512(Sc-BatCoV-512) · 猪流行性腹泻病毒(PEDV)
其他
鼩鼱冠狀病毒T14(Sa-CoV T14) · 文成鼩鼱病毒(WESV) · 鹿城褐家鼠冠状病毒(LRNV)
乙型冠狀病毒屬
(β-CoV)
Embecovirus英语Embecovirus
(支系A)
乙型冠狀病毒1型(β1CoV)
牛冠狀病毒(BCoV) · 人類冠狀病毒OC43(HCoV-OC43) · 馬冠狀病毒(ECoV) · 豬凝血性腦脊髓炎病毒(PHEV) · 犬呼吸道冠狀病毒(CRCoV)
兔冠狀病毒HKU14(RbCoV HKU14) · 黃鼠冠狀病毒HKU24(ChRCoV HKU24) · 龍泉黑線姬鼠冠狀病毒(LAMV)
鼠冠狀病毒(M-CoV)
鼠肝炎病毒(MHV) · 大鼠冠狀病毒(RCoV)(大鼠涎淚腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV)
人類冠狀病毒HKU1(HCoV-HKU1) · 龍泉羅賽鼠冠狀病毒(LRLV)
Merbecovirus英语Merbecovirus
(支系C)
刺蝟冠狀病毒(EriCoV) · 東北刺蝟冠狀病毒HKU31(Ea-HedCoV HKU31) · 扁颅蝠冠状病毒HKU4(Bat-CoV HKU4) · 伏翼蝠冠状病毒HKU5(Bat-CoV HKU5) · 中東呼吸綜合症冠狀病毒(MERS-CoV) · 祖魯棕蝠冠狀病毒(NeoCoV) · 灰伏翼冠狀病毒HKU25(Hp-BatCoV HKU25)
Nobecovirus英语Nobecovirus(支系D)
果蝠冠状病毒GCCDC1(Ro-BatCoV GCCDC1) · 果蝠冠状病毒HKU9(Ro-BatCoV HKU9)
Hibecovirus英语Hibecovirus                            
普氏蹄蝠冠狀病毒ZJ013(BtHp-BetaCoV/ZJ2013)
Sarbecovirus(支系B)                            
SARS-CoV-1 · SARS-CoV-2 · 变种 · 蝙蝠SARSr-CoV(詳见Template:SARSr-CoV)
丙型冠状病毒属
(γ-CoV)
Cegacovirus
鯨豚冠狀病毒(白鯨冠狀病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠狀病毒HKU22)
Brangacovirus英语Brangacovirus
Igacovirus英语Igacovirus
禽冠狀病毒(傳染性支氣管炎病毒) · 禽冠狀病毒9203(火雞冠狀病毒)
丁型冠狀病毒屬
(δ-CoV)
鵯冠狀病毒HKU11(BuCoV HKU11) · 鶇冠狀病毒HKU12(ThCoV HKU12) · 文鳥冠狀病毒HKU13英语Munia coronavirus HKU13(MuCoV HKU13) · 猪丁型冠状病毒(PdCV) · 繡眼冠狀病毒HKU16英语White-eye coronavirus HKU16(WeCoV HKU16) · 麻雀冠狀病毒HKU17(SpCoV HKU17) · 鵲鴝冠狀病毒HKU18(MRCoV HKU18) · 夜鷺冠狀病毒HKU19 · 鴨冠狀病毒HKU20(WiCoV HKU20) · 紅冠水雞冠狀病毒HKU21英语Common moorhen coronavirus HKU21(CMCoV HKU21) · 隼冠狀病毒HKU27(FalCoV UAE-HKU27) · 翎頜鴇冠狀病毒HKU28(HouCoV UAE-HKU28) · 鴿冠狀病毒HKU29(PiCoV UAE-HKU29) · 鵪鶉冠狀病毒HKU30(QuaCoV UAE-HKU30)
 
SARSr-CoV
SARS-CoV-1相關病毒
人類病毒
蝙蝠病毒
HKU3 · Rm1 · Rf1 · Rp3 · Rs672 · SHC014 · WIV1 · LYRa11 · YNLF 31C · YNLF 34C · WIV16 · 16BO133
其他
SARS-CoV-2相關病毒
人類病毒
變異株
需要关注的变异株英语SARS-CoV-2 variant of concern(VOC)
Omicron(B.1.1.529)
子谱系:BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.10.1、BA.2.12、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.86、BA.3、BA.4、BA.5、BA.5.2.1、BF.7、BQ.1、BQ.1.1、CH.1.1、EG.5、EG.5.1、JN.1、XBB、XBB.1、XBB.1.5、XBB.1.9.2、XBB.1.16、XBF、XE西班牙语Variante XE del SARS-CoV-2
原需要关注的变异株
Alpha(B.1.1.7)(带E484K版本)書面挪威語Lineage B.1.1.7 with E484K · Beta(B.1.351) · Gamma(P.1) · Delta(B.1.617.2)
需要留意的变异株阿拉伯语متحور مثير للاهتمام(VOI)
监视下的变异株阿拉伯语متحور قيد المراقبة(VUM)
Zeta英语SARS-CoV-2 Zeta variant(P.2) · Theta英语SARS-CoV-2 Theta variant(P.3) · Epsilon英语SARS-CoV-2 Epsilon variant(B.1.427、B.1.429書面挪威語Lineage B.1.429、CAL.20C) · Kappa(B.1.617.1) · Iota英语SARS-CoV-2 Iota variant(B.1.526) · Eta英语SARS-CoV-2 Eta variant(B.1.525) · Lambda(C.37) · Mu(B.1.621)
曾監視的變異株(FMV)
AV.1 · AT.1 · R.1西班牙语Variante R.1 del SARS-CoV-2 · B.1.466.2 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523西班牙语B.1.1.523 · B.1.619 · B.1.620書面挪威語Lineage B.1.620 · B.1.1.318書面挪威語Lineage B.1.1.318/AZ.5 · C.1.2他加禄语SARS-CoV-2 Lineage C.1.2 · B.1.630 · B.1.640 · XD
其他变种
B.1.1.207書面挪威語Lineage B.1.1.207 · B.1.1.317 · B.1.616書面挪威語Den bretonske koronavarianten · B.1.618書面挪威語Lineage B.1.618 · B.1.640.2德语B.1.640.2 · Deltacron書面挪威語«Deltacron» · XF · Cluster 5英语Cluster 5(已消亡)
错义突变
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R書面挪威語Mutasjon L452R · Y453F · S477G/N · E484Q書面挪威語Mutasjon E484Q · E484K書面挪威語Mutasjon E484K · F490S · N501Y書面挪威語Mutasjon N501Y · N501S · D614G書面挪威語Mutasjon D614G · Q677P/H · P681H書面挪威語Mutasjon P681H · P681R書面挪威語Mutasjon P681R · A701V書面挪威語Mutasjon A701B og mutasjon A701V
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203英语RacCS203 · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
穿山甲冠狀病毒(GD · GX · Pangolin-CoV-2020)
其他
相關病毒
Ghana348相關 · HKU9 · BtKY18樣 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013